اکادمی علوم افغانستان به‌عنوان عالی‌ترین مرجع تحقیقاتی کشور، مسوولیت تنظیم و رهبری امور در بخش‌های علوم اسلامی، علوم بشری و علوم طبیعی ـ تخنیکی را بر عهده دارد.
این اکادمی به‌حیث یک نهاد مستقل، در بخش‌های یادشده بر اساس روش‌های علمی و تحقیقاتی، به‌منظور رشد، توسعه و غنامندی علمی کشور، تحقیقات علمی انجام می‌دهد.
اهداف اساسی اکادمی علوم افغانستان عبارت از رشد اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی کشور براساس تحقیقات، ارتقای سطح علم و دانش، و تقویت فرهنگ دینی و اسلامی در کشور اند.
اکادمی علوم افغانستان می‌گوید: «پس از حاکمیت دوباره امارت اسلامی در کشور، این نهاد توانسته است دست‌آوردهای قابل توجهی در بخش‌های مختلف کسب کند.»
در این مدت، این اکادمی در چوکات تشکیلاتی خود مراکز تحقیقاتی بانک‌داری اسلامی و مسائل معاصر، مرکز ملی ترجمه افغانستان، و نیز ریاست دعوت و ارشاد را ایجاد کرده است.
ریاست دعوت و ارشاد، برنامه‌های منظم تدریس نصاب دینی، برگزاری سه دوره امتحان، دوره‌های قرآن‌کریم، تفسیر، فقه، سیرت، عقیده و بیانات اصلاحی را برای اعضا، کارمندان و محافظان اکادمی علوم برگزار کرده و این روند همچنان ادامه دارد.
همکاری با وزارت عدلیه و کمیسیون غصب زمین، منجر به یافتن معادل‌های مناسب برای بیش از هزار واژه بیگانه شده است.
همچنان، انجام ۱۲۰ تحقیق علمی، برگزاری ۱۹۹ کنفرانس، ۱۷ سمینار ملی، چاپ ۶۷ کتاب و انتشار ۸۸ شماره از ده مجله و ترجمه ۵۶ اثر از سوی مرکز ترجمه از دیگر فعالیت‌های مهم این نهاد به‌شمار می‌رود.
مرکز بانک‌داری اسلامی نیز روی آماده‌سازی رهنمودهای متعدد، طرح‌ها و بررسی‌های فقهی کار کرده است.
در عین حال، رهبری این اکادمی به‌منظور تقویت عملی و گسترش همکاری‌های علمی، به شماری از کشورها سفرهایی انجام داده، با نمایندگان کشورهای اسلامی و نهادهای بین‌المللی دیدار کرده، توافق‌نامه‌های علمی امضا و همکاری‌های خود را با نهادهای مختلف دولتی ادامه داده است.
افتتاح فارم تحقیقاتی زراعتی در ساحه کاریزمیر ولایت کابل، استخدام ۵۰ تن از کادرهای علمی، و فراهم‌سازی ۱۸ هزار و ۵۰۰ عنوان کتاب جدید برای کتاب‌خانه، از دیگر فعالیت‌های مهم این اکادمی به‌شمار می‌رود.
اکادمی علوم افغانستان بر اساس اسناد تقنینی و ماهیت فعالیت‌های خود، یکی از عالی‌ترین مراجع علمی ـ تحقیقی کشور به‌شمار می‌رود و فعالیت‌های علمی و تحقیقی آن بر ترویج علوم و رشد امور فرهنگی و اقتصادی کشور تمرکز دارد.