با حاکمیت دوباره امارت اسلامی، تحولات قابل توجهی در نظام علمی افغانستان به وجود آمده است، ایجاد و فعال‌سازی ژورنال‌های علمی ملی و بین‌المللی از جمله این پیشرفت‌ها است.
وزارت تحصیلات عالی اعلام کرده که تاکنون ۵۲ ژورنال ملی در پوهنتون‌های امارتی ایجاد شده که برای تحقیقات علمی، نشر مقالات و تبادل علمی در داخل کشور مورد استفاده قرار می‌گیرند.
افزون بر این، هفت ژورنال بین‌المللی در بخش‌های مختلف علوم طبیعی، علوم اجتماعی، علوم بشری، مطالعات اسلامی «شرعیات»، انجنیری و تکنالوژی نیز در پوهنتون‌های معتبر کشور تأسیس شده‌اند.
از جمله این ژورنال‌ها می‌توان به ژورنال بین‌المللی انجنیری و تکنالوژی در پوهنتون پولی‌تخنیک کابل، ژورنال بین‌المللی علوم حیاتی در پوهنتون ننگرهار، ژورنال بین‌المللی طبی افغان در پوهنتون علوم طبی کابل و ژورنال مطالعات اسلامی در پوهنتون جوزجان اشاره کرد.
این وزارت افزوده است که این اقدامات باعث شده است تا افزون بر نویسندگان داخلی، فرصت نشر مقالات برای نویسندگان بین‌المللی نیز فراهم شود.
به گفته مسوولان ریاست تحقیق، تألیف و ترجمه وزارت تحصیلات عالی، در گذشته استادان و محققان افغان برای نشر مقالات علمی‌شان با دشواری‌ها و هزینه‌های گزاف مواجه بودند و گاه گرفتار ژورنال‌های جعلی می‌شدند.
اما اکنون با ایجاد این ژورنال‌ها در داخل کشور، فرصتی مناسبی برای نشر آثار علمی و نیز ترفیع علمی استادان فراهم شده است.
در کنار پوهنتون‌های امارتی، ۲۴ ژورنال ملی و ۱۱ ژورنال بین‌المللی نیز در پوهنتون‌های خصوصی کشور راه‌اندازی شده‌اند که برای نظام تحصیلی خصوصی نیز یک پیشرفت مهم شمرده می‌شود.
قابل یادآوری است که ایجاد حدود ۱۰۰ ژورنال علمی ملی و بین‌المللی، گامی مهم در جهت رشد جامعه علمی افغانستان به‌شمار می‌رود و نه‌تنها زمینه نشر مقاله‌های علمی را برای استادان و محققان فراهم می‌سازد، بلکه مسیرهای همکاری و ارتباط با مراکز تحقیقاتی بین‌المللی را نیز هموار می‌سازد.